Normalt är hanen den som har mest mönster på fenorna och nedre delen av kroppen, efter din beskrivning så tolkar jag att den ljusa är en hona och den mörka en hane.
Däremot så är det vanligare att hanen jagar honan än tvärtom så kanske är den ljusa en hane och den mörka en mycket stressad hona. Men posta gärna bilder om du har möjlighet, tills vidare kan du titta på bilden nedan och se om dina fiskar liknar dessa.
http://fredrik.isaksson.homeip.net/dirgallery/do/guest/viewimage?gallery=10&image=jaguarciklid_sida_vid_sida01.jpg
EDIT: Servern verkar tyvärr vara nere just nu så testa länken lite senare.
Jag kom just på en sak, det behöver ju inte vara fiskar av olika kön, det kan även vara en dominant hane/hona och en undertryckt hane/hona.